大約在1667年，牛頓開(kāi)始修習(xí)化學(xué)。為了更好地入門(mén)，牛頓大量地搜集資料，編纂了一本包括名詞、儀器和專門(mén)術(shù)語(yǔ)的詞典。雖然這本詞典里大部分包含的都是化學(xué)知識(shí)，但牛頓也意識(shí)到有些東西需要保密。例如，詞典中Elixar這個(gè)詞，是指能治百病的靈藥，就是煉金術(shù)追求的長(zhǎng)生不老藥，但牛頓在這個(gè)詞條的下方并未做注釋。相反，其他的詞語(yǔ)都有簡(jiǎn)短的說(shuō)明。
在牛頓探索煉金術(shù)的過(guò)程里，波義耳起到了指導(dǎo)老師的作用。兩人的首次公開(kāi)會(huì)面是1675年，一年后，他們的通信往來(lái)開(kāi)始頻繁。在修習(xí)煉金術(shù)的過(guò)程里，牛頓經(jīng)常與波義耳交流探討。當(dāng)波義耳在皇家學(xué)會(huì)上發(fā)表《與黃金同在時(shí)水銀的增溫反應(yīng)》這篇有關(guān)煉金術(shù)的文章時(shí)，牛頓曾寫(xiě)信給皇家學(xué)會(huì)的秘書(shū)奧爾登伯格，請(qǐng)求奧爾登伯格制止波義耳向社會(huì)公布他在煉金術(shù)上的發(fā)現(xiàn)。牛頓在信里提到：“它有可能產(chǎn)生一些高貴的東西，但就算如煉金術(shù)的作者所言含有一絲真理，即不會(huì)對(duì)世界造成極深的傷害，也不應(yīng)該開(kāi)誠(chéng)布公……”除此之外，牛頓還經(jīng)常建議波義耳用假名來(lái)發(fā)表相關(guān)的文章，以免被大眾識(shí)破真相。從這里我們可以看出，雖然牛頓正在研究煉金術(shù)，但他并不愿意正大光明地進(jìn)行相關(guān)工作。為了維護(hù)自己辛苦奮斗來(lái)的名譽(yù)和地位，牛頓必須以秘密的方式來(lái)探索哲人石。
從1669年起，牛頓接連幾次去倫敦購(gòu)買(mǎi)實(shí)驗(yàn)材料和設(shè)備，并與一些煉金術(shù)士和特殊的書(shū)商接觸。在這些書(shū)商里，牛頓通過(guò)一個(gè)叫做庫(kù)珀的書(shū)商購(gòu)買(mǎi)到一些在歐洲各地風(fēng)行的煉金術(shù)手冊(cè)，其中有澤茨納的《化學(xué)論》和菲拉利塔斯的《重現(xiàn)里普利》。在實(shí)驗(yàn)所需要的東西全備后，牛頓開(kāi)始日夜守在實(shí)驗(yàn)室的爐火前，一遍遍做著實(shí)驗(yàn)和詳細(xì)記錄。修習(xí)煉金術(shù)期間，牛頓還加入了“哈特利布社團(tuán)”。這是一個(gè)煉金術(shù)士和巫師的社交圈，它的目標(biāo)就是將煉金術(shù)的教條和機(jī)械哲學(xué)的知識(shí)架構(gòu)結(jié)合起來(lái)。牛頓是被當(dāng)時(shí)的科學(xué)家摩耳介紹進(jìn)來(lái)的。那段時(shí)間里，牛頓多次離開(kāi)劍橋，參加社團(tuán)聚會(huì)，與圈子里的社友一同探討相關(guān)的煉金術(shù)事宜。在交流中，牛頓曾鮮明地表達(dá)過(guò)自己對(duì)煉金術(shù)的感受：“煉金術(shù)并非如無(wú)知的民眾所以為的，只是買(mǎi)賣金屬而已，那種錯(cuò)誤的想法對(duì)此高貴的科學(xué)是侮辱……而是為了教化和造福人類。”可以說(shuō)，在哈特利布社團(tuán)里的交流探討，為以后牛頓研究煉金術(shù)提供了廣泛的知識(shí)架構(gòu)。
三十年心血?dú)в谝坏?/p>
在最初的煉金實(shí)驗(yàn)里，牛頓并非一帆風(fēng)順。一開(kāi)始，牛頓是按照前人的經(jīng)驗(yàn)和套路進(jìn)行相應(yīng)的操作。他先是試驗(yàn)如何讓金屬性質(zhì)改變。水銀作為煉金術(shù)士心中的宇宙第一物質(zhì)，被稱作“哲學(xué)家的使者”，它可以讓金屬轉(zhuǎn)化性質(zhì)。因而牛頓起先的實(shí)驗(yàn)就是試圖制造出水銀。根據(jù)波義耳的方法，牛頓將普通的水銀溶解在硝酸里，然后加入鉛屑，但得出來(lái)的銀白色固體和原來(lái)加進(jìn)去的水銀相同。在第一次失敗后，牛頓繼續(xù)把不同的金屬加入含水銀的硝酸溶液，然而每一次都只得到普通的水銀，“哲學(xué)家的使者”并沒(méi)出現(xiàn)過(guò)。
雖然在開(kāi)始階段遇到了一系列挫折，但牛頓并未氣餒。接下來(lái)的研究中，牛頓用銻元素代替先前的金屬。這一次，在1670年底的時(shí)候，牛頓成功制得了一種神秘的東西——軒轅十四銻。盡管軒轅十四銻可能并不是能將金屬轉(zhuǎn)變性質(zhì)的水銀，可牛頓卻對(duì)這個(gè)成就欣喜異常。
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